四川生物有机肥料的许多功能微生物进入土壤，在生长繁殖过程中产生大量的次生代谢产物。这些产物能促进土壤团聚体结构的形成。粒状结构的形成使土壤变得松软，提高了水土保持能力，使水、气、热更加协调，减少了土壤压实，有利于水土保持、肥料保持、通风和根系发育，提供了农作物的舒适环境。

土壤理化性质的改善加强了土壤有益微生物的活性，从而使有机质的分解和转化最大化，产生各种养分和刺激物质，从而刺激生长和发育。ENT微生物，促进作物生长，最终达到增产增收的目的。

微生物产生大量的有机酸，这些酸能溶解土壤中沉积多年的磷和钾，并部分释放出来供作物再利用。长期使用后，土壤变得疏松肥沃。

四川生物有机肥料中的微生物能有效控制土传病虫害的发生，防治病虫害，抗茬。同时，微生物菌还能有效地提高农作物果实的含糖量，降低农产品中硝酸盐等有害物质的含量，提高农作物的品质。作物产量可提高10%～30%。此外，功能微生物在作物根部周围形成优势种群，抑制或拮抗有害病原体的生长和繁殖，减少作物病害，从而提高产量。